В настоящее время в магистратуре Кубанского государственного университета физической культуры и спорта проводится обучение по следующим направлениям подготовки:
	 В рамках направления подготовки 49.04.01 Физическая культура проводится обучение по 7 образовательным программам: 
	 В рамках направления подготовки 49.04.03 Спорт реализуется одна образовательная программа: "Спорт высших достижений и система подготовки спортсменов" руководитель профессор Пилюк Н.Н.
	 Обучение в магистратуре ведётся на бюджетной и договорной (коммерческой) основах.
	 Магистратура ведет активное сотрудничество с лабораториями Научно-исследовательского института проблем физической культуры и спорта КГУФКСТ:
	 К государственной итоговой аттестации обучающихся в магистратуре в качестве представителей работодателей привлечены ведущие специалисты в области физической культуры и спорта Краснодарского края:
	 Председателем государственной экзаменационной комиссии в магистратуре по направлениям подготовки 49.04.01 Физическая культура и 49.04.03 Спорт является директор государственного бюджетного учреждения дополнительного образования Краснодарского края «Спортивная школа олимпийского резерва имени Г.К. Казаджиева», заслуженный работник физической культуры Российской Федерации, Гаврик Ирина Анатольевна.
	 Выпускниками магистратуры КГУФКСТ в разные годы были такие прославленные спортсмены как:
	- 
	
		 Хуштов Асламбек (греко-римская борьба) - заслуженный мастер спорта России. Чемпион олимпийских игр 2008 года, трёхкратный чемпион Европы (2008, 2009, 2010), двукратный бронзовый призёр Чемпионатов мира (2009, 2010), обладатель Кубка мира 2008 года; 
	 
- 
	
		 Абакумова Мария (легкая атлетика) - заслуженный мастер спорта России, чемпионка мира 2011, рекордсменка России; 
	 
- 
	
		 Ушаков Дмитрий (прыжки на батуте) - заслуженный мастер спорта России, чемпион Европы 2008 года, участник летних Олимпийских играх 2008 года, серебряный призер Олимпийских игр 2012 года; 
	 
- 
	
		 Землин Александр (стендовая стрельба) - заслуженный мастер спорта России, чемпион мира (2014), серебряный призер чемпионата мира (2017), бронзовый призер чемпионата мира (2018), чемпион Европы (2017), бронзовый призер чемпионата Европы (2018); 
	 
- 
	
		 Гедуев Аниуар (вольная борьба) - заслуженный мастер спорта России серебряный призёр Олимпийских игр (2016), победитель Европейских игр в Баку (2015), бронзовый призёр чемпионата мира (2015), чемпион Европы (2013, 2014), обладатель кубка мира (2010); 
	 
- 
	
		 Федоренко Никита (прыжки на батуте) - заслуженный мастер спорта России, участник Олимпийских игр 2012 года, чемпион Европы (2012), серебряный призер Чемпионата мира (2013); 
	 
- 
	
		 Махов Белял (вольная и греко-римская борьба) - заслуженный мастер спорта России, бронзовый призер Олимпийских игр 2012 года (вольный борьба), чемпион мира 2007, 2009, 2010 года (вольная борьба), бронзовый призер чемпионатов мира 2014, 2015 года (греко-римская борьба); 
	 
- 
	
		 Тотров Рустам (греко-римская борьба) - заслуженный мастер спорта России, серебряный призёр летних Олимпийский игр 2012 года; 
	 
- 
	
		 Маренян Степан (греко-римская борьба) - мастер спорта России международного класса, чемпион Европейских игр 2015, победитель Кубка мира (2013, 2017), чемпион мира (2018); 
	 
- 
	
		 Шаинова Марина (тяжелая атлетика) - заслуженный мастер спорта России, чемпионка Европы (2005, 2006, 2007, 2011), серебряный призер чемпионата мира (2007); 
	 
- 
	
		 Сюзева Елена (парусный спорт) - мастер спорта России международного класса, участница Олимпийских игр 2012 года, чемпионка Европы (2010), серебряный призер чемпионата Европы (2011); 
	 
- 
	
		 Мелантьев Виктор (гребля) - заслуженный мастер спорта России, участник Олимпийских игр 2012 года, чемпион мира (2009, 2011, 2013, 2014, 2017, 2018), чемпион Европы (2008, 2009, 2015, 2016, 2017, 2018); 
	 
- 
	
		 Грибанов Денис (парусный спорт) - бронзовый призер чемпионата мира 2015 года, бронзовый призер чемпионата Европы (2015), чемпион Летней универсиады (2011).
	 
- 
	
		 Кочесок Сусана (прыжки на батуте) – мастер спорта России международного класса, трехкратная победительница Кубка мира (2016, 2017, 2018), многократный призер чемпионатов мира (2012, 2013, 2016);
	 
- 
	
		 Троянова Полина (прыжки на батуте) – мастер спорта России международного класса, чемпионка мира (2016), двукратный призер чемпионата мира (2017, 2018), чемпион Европы (2018);
	 
- 
	
		 Власов Роман (греко-римская борьба) – заслуженный мастер спорта России, член сборной команды России по греко-римской борьбе, двукратный Олимпийский чемпион (2012, 2016), двукратный чемпион мира (2011, 2015), призер чемпионата мира (2013), четырехкратныйФ чемпион Европы (2012, 2013, 2018, 2018);
	 
- 
	
		 Касьянов Александр (бобслей) – заслуженный мастер спорта России, член сборной команды России по бобслею, обладатель Кубка мира (2016, 2017), вице-чемпион кубка мира (2014, 2015), двукратный призер чемпионата мира (2015, 2016), серебряный призер чемпионата Европы (2015);
	 
	 В настоящее время выпускники магистратуры работают во всех сферах физической культуры и спорта как в Южном федеральном округе, так и Российской Федерации и являются ведущими специалистами.